GNU Project khuyến nghị rằng những người đóng góp gán bản quyền cho các gói GNU cho Quỹ phần mềm tự do,[57][58] mặc dù Quỹ phần mềm tự do cho rằng có thể chấp nhận phát hành các thay đổi nhỏ cho một dự án hiện theo Phạm vi công cộng.[59] Tuy nhiên, điều này là không bắt buộc; các nhà bảo trì gói có thể giữ bản quyền đối với các gói GNU mà họ duy trì, mặc dù chỉ có chủ bản quyền mới có thể thực thi giấy phép được sử dụng (như GNU GPL), nên người giữ bản quyền trong trường hợp này thi hành nó thay vì Free Software Foundation.[60]

Để phát triển phần mềm cần thiết, Stallman đã viết một giấy phép gọi là GNU General Public License (ban đầu gọi là Emacs General Public License), với mục tiêu đảm bảo người dùng tự do chia sẻ và tự do thay đổi phần mềm.[61] Stallman đã viết giấy phép này sau kinh nghiệm của mình với James Gosling và một chương trình có tê UniPress, về một cuộc tranh cãi xung quanh việc sử dụng mã phần mềm trong chương trình GNU Emacs.[62][63] Trong hầu hết những năm 80, mỗi gói GNU có giấy phép riêng: Emacs General Public License, GCC General Public License, v.v. Năm 1989, FSFđã xuất bản một giấy phép duy nhất mà có thể sử dụng cho tất cả phần mềm của mình có thể được sử dụng bởi các dự án không phải GNU: GNU General Public License (GPL).[62][64]

Giấy phép này hiện được sử dụng bởi hầu hết các phần mềm GNU, cũng như một số lượng lớn các chương trình phần mềm tự do không phải là một phần của GNU Project; nó cũng là giấy phép phần mềm tự do được sử dụng phổ biến nhất.[65] Nó cho phép tất cả những người nhận chương trình có quyền chạy, sao chép, sửa đổi và phân phối chương trình đó, đồng thời cấm họ áp đặt các hạn chế hơn nữa đối với bất kỳ bản sao nào họ phân phối. Ý tưởng này thường được gọi là copyleft.[66]

Năm 1991, giấy phép GNU Lesser General Public License (LGPL), sau đó được gọi là Library General Public License, được viết cho GNU C Library để cho phép nó được liên kết với phần mềm độc quyền.[67] Năm 1991 phiên bản 2 của GNU GPL cũng được phát hành. GNU Free Documentation License (FDL), cho tài liệu, ra mắt vào năm 2000.[68] GPL và LGPL đã được sửa đổi thành phiên bản 3 năm 2007, thêm các điều khoản để bảo vệ người dùng chống lại các hạn chế phần cứng ngăn người dùng chạy phần mềm đã sửa đổi trên thiết bị của họ.[69]

Bên cạnh các gói riêng của GNU, giấy phép của Dự án GNU được sử dụng bởi nhiều dự án không liên quan, chẳng hạn như Linux kernel, thường được sử dụng với phần mềm GNU. Một số ít các phần mềm được sử dụng bởi hầu hết các bản phân phối Linux, chẳng hạn như X Window System, được cấp phép theo giấy phép phần mềm tự do.